医院，创办于年2月，原为国医院，年4月划归教育部，医院，是集医疗、教学、科研和预防保健医院。
医院是中国复杂先心病救助中心，北京市危重新生儿先天医院，北京市新生儿先天性心脏病诊断机构和治疗机构，北京市危重新医院，北京市市级危重新生儿救治中心，北京市高危孕医院，朝阳区高危围产儿救治中心。医院大外科是英国爱丁堡皇家外科学院认证基地。医院是国家级冠心病介入和心律失常介入（导管消融+器械植入）培训基地。医院是北京市住院医师规范化培训基地，涵盖内科专业基地、外科专业基地和检验（技师）基地。作医院，承担清华大学医学生、硕士和博士研究生的培养工作。
医院按照清华大学创建世界一流大学和高水平医学及生命科学的战略部署，充分利用学校的多学科综合科研优势和人才培养优势，坚持“突出专科，综合发展”方针，积极发挥重点学科的龙头作用，实现多学科综合发展，力争在威胁人民健康的疑难危重疾病的诊断、治疗、科研和医学人才培养方面作出突出贡献。
医院现任院长张明奎，其个人简介如下:张明奎，男，主任医师、医学博士，教授，博士研究生导师。现任医院院长，党委副书记，清华大学医工交叉研究院副院长，清华大学临床医学院心血管生物材料与组织工程实验室主任。
年毕业于河南医科大学临床医学系，获医学学士学位，后获医学硕士学位；年毕业于中南大学湘雅医学院，获医学博士学位；毕业后在医院心脏中心外科工作。
1、张明奎从医经验
从事心血管外科临床工作近30年，在冠心病、瓣膜病、复杂先心病、大血管疾病、房颤、肥厚梗阻型心肌病的外科治疗等方面积累了丰富的经验，主刀和参加各种心脏手术数千例，是国内最早开展胸腔镜下微创房颤消融术和经皮超声引导下先心病封堵术的术者之一，对血管条件困难的复杂、重症冠脉旁路移植(搭桥)术和瓣膜成形术有独到的经验，在房颤外科消融手术、微创心脏外科等方面有较高造诣，手术近远期疗效均达国内、外先进水平。
2、张明奎学术成果
在亚太人工器官学会、亚洲心脏瓣膜学会中国分会、医院学会、北京医学会、北京医师协会等学术机构任职;主持或参加国家级、省部级、清华大学科研项目10余项；主持下建立医院--英国爱丁堡大学皇家外科学会外科医师培养项目。创建清华大学临床医学院生物材料与组织工程实验室并兼任主任。在国内、外核心期刊发表学术论文50余篇；参编、参译医学专著4部;曾获郑裕彤奖学金资医院管理。多次在国际会议上做学术报告介绍研究成果。